Bahagian CARILAMAT dan Bantuan Bencana (BCLBB) adalah salah satu bahagian di bawah Sektor Operasi yang bertanggungjawab dalam mengkoordinasikan pelaksanaan operasi mencari dan menyelamat maritim dalam kawasan perairan tanggungjawab mencari dan menyelamat Maritim Malaysia. BCLBB dibahagikan kepada tiga seksyen dan dua cawangan seperti berikut:

a. Seksyen CARILAMAT,
b. Seksyen Bantuan Bencana,
c. Seksyen Pentadbiran,
d. Cawangan Malaysian Rescue Control Centre (MRCC) diletakkan di bawah Seksyen CARILAMAT dan;
e. Cawangan Malaysian Mission Control Centre (MYMCC) diletakkan di bawah Seksyen CARILAMAT.

Bahagian Kewangan dan Belanjawan (BKB) adalah salah satu bahagian di bawah Sektor Pengurusan. Bahagian ini menyediakan perkhidmatan sokongan pengurusan kewangan, belanjawan dan perakaunan kepada warga APMM dan berperanan dalam aspek pemantauan pengurusan dan penyelarasan kewangan seluruh PTJ di bawah APMM.

BKB dibahagikan kepada dua (2) Cawangan utama yang merangkumi beberapa Seksyen dibawahnya seperti berikut:
Cawangan Belanjawan dan Pentadbiran;
1. Seksyen Belanjawan;
2. Seksyen Pentadbiran;

Cawangan Pengurusan Kewangan;
1. Seksyen Bayaran; dan
2. Seksyen Akaun, Terimaan dan Gaji.

Bahagian Perolehan (PERO) adalah salah satu bahagian di bawah Sektor Pengurusan. Bahagian ini bertanggungjawab secara keseluruhan dalam merancang, mengurus dan menyelaras perolehan yang meliputi urusan Bekalan/Perkhidmatan/Kerja secara Tender /Sebut Harga dan Pembelian Terus bagi memastikan mencapai objektif Agensi dengan mematuhi dasar, peraturan dan tatacara perolehan semasa yang berkuatkuasa.

Bahagian ini dibahagikan kepada dua (2) unit seperti berikut:
a. Unit Penyelarasan Perolehan dan Pentadbiran (UPPP); dan
b. Unit Perolehan Teknikal dan Am (UPTA).

Penubuhan Unit Integriti, Agensi Penguatkuasaan Maritim Malaysia (APMM) adalah berdasarkan Pekeliling Perkhidmatan Bilangan 6 Tahun 2013 - Penubuhan Unit Integriti Di Semua Agensi Awam. Unit ini bertujuan untuk memastikan penjawat awam mengamalkan budaya kerja unggul dengan ciri-ciri moral dan etika yang kukuh hatta meningkatkan semangat patriotisme. Inisiatif ini diharapkan dapat membendung salah laku jenayah serta pelanggaran tatakelakuan dan etika organisasi di kalangan pegawai dan anggota APMM.

Secara khususnya, penubuhan Unit Integriti APMM ini merupakan usaha kawalan dalaman oleh agensi untuk menguruskan integriti pegawai dan anggota APMM. Unit ini bertanggungjawab untuk melaksanakan fungsi teras mengikut seksyen-seksyen seperti berikut:

1. Seksyen Pengurusan Aduan: Menerima dan memproses semua aduan/maklumat mengenai salah laku serta pelanggaran peraturan, tatakelakuan dan etika organisasi untuk diambil tindakan selanjutnya;
2. Seksyen Pengesanan dan Pengesahan: Mengesan dan mengesahkan salah laku serta pelanggaran peraturan, tatakelakuan dan etika organisasi seperti yang diadukan. Seksyen ini juga akan melaporkan salah laku jenayah/rasuah dan sebagainya kepada agensi penguatkuasaan yang bertanggungjawab.
3. Seksyen Pengukuhan Integriti: Memastikan pembudayaan, penginstitusian dan pelaksanaan integriti dalam agensi;
4. Seksyen Tadbir Urus dan Pematuhan: Memastikan tadbir urus yang terbaik dilaksanakan oleh agensi serta memastikan pematuhan terhadap undang-undang dan peraturan yang berkuatkuasa; dan
5. Seksyen Tatatertib: Melaksanakan fungsi urus setia Lembaga Tatatertib.