Agensi Penguatkuasaan Maritim Malaysia (APMM) ditubuhkan setelah satu kajian yang dijalankan oleh Kerajaan Malaysia pada April 1999. Hasil dari kajian tersebut menunjukkan penguatkuasaan berkaitan maritim tidak begitu berkesan kerana terlalu banyak agensi yang terlibat. Hal ini mengakibatkan pertindihan dari segi fungsi dan bidang tanggungjawab serta penggunaan sumber tidak ekonomik.

APMM telah ditubuhkan dengan penubuhan satu Tim Nukleus yang ditugaskan untuk menjalankan segala usaha yang perlu bagi mewujudkan agensi ini. Akta Agensi Penguatkuasaan Maritim Malaysia 2004 (Akta 633) telah diwartakan pada 1 Julai 2004 dan telah dikuatkuasakan pada 15 Februari 2005. Y.A.B Dato' Sri Mohd Najib bin Tun Haji Abdul Razak, Timbalan Perdana Menteri Malaysia telah merasmikan Majlis Memperkenalkan APMM pada 10 Oktober 2005. APMM telah memulakan operasi pada 30 November 2005. Majlis Pelancaran Rasmi APMM telah diadakan pada 21 Mac 2006 yang juga disempurnakan olah Y.A.B Timbalan Perdana Menteri Malaysia.